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Serratosa FAutor o Coautor

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10 de junio de 2024
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Artículo
Sí

ATENA: A Web-Based Tool for Modelling Metal Oxide Nanoparticles Based on NanoFingerprint Quantitative Structure-Activity Relationships

Publicado en:Molecules. 29 (10): 2235- - 2024-05-01 29(10), DOI: 10.3390/molecules29102235

Autores: Serratosa, Francesc

Afiliaciones

Univ Rovira i Virgili, Comp Sci & Math Dept, Tarragona 43007, Catalonia, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Modelling size-realistic nanomaterials to analyse some of their properties, such as toxicity, solubility, or electronic structure, is a current challenge in computational and theoretical chemistry. The representation of the all-atom three-dimensional structure of a nanocompound would be ideal, as it could account explicitly for structural effects. However, the use of the whole structure is tedious due to the high data management and the structural complexity that accompanies the surface of the nanoparticle. Developing appropriate tools that enable a quantitative analysis of the structure, as well as the selection of regions of interest such as the core-shell, is a crucial step toward enabling the efficient analysis and processing of model nanostructures. The aim of this study was twofold. First, we defined the NanoFingerprint, which is a representation of a nanocompound in the form of a vector based on its 3D structure. The local relationship between atoms, i.e., their coordination within successive layers of neighbours, allows the characterisation of the local structure through the atom connectivity, maintaining the information of the three-dimensional structure but increasing the management ability. Second, we present a web server, called ATENA, to generate NanoFingerprints and other tools based on the 3D structure of the nanocompounds. A case study is reported to show the validity of our new fingerprint tool and the usefulness of our server. The scientific community and also private companies have a new tool based on a public web server for exploring the toxicity of nanocompounds.

Palabras clave

Chemical 3d structureGraph embeddingGraph regressioGraph regressionMetal oxide nanocompoundNanofingerprint

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Molecules debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Pharmaceutical Science.

2025-07-23:

  • Scopus: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-23:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 2 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

    Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

    • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

    Análisis de liderazgo de los autores institucionales

    Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Serratosa Casanelles, Francesc d'Assís) y Último Autor (Alvarez-Puebla, Ramon A).

    el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Alvarez-Puebla, Ramon A.